Flera av de bygdekvarnar som finns kvar i dag anlades redan under medeltiden. Mycket talar för att vattenkvarnar var vanliga under 1200-talet, eftersom de på ett detaljerat sätt omnämns i landskapslagarna. Väderkvarnarna, som har en mer komplicerad konstruktion, kom hit via Tyskland och Danmark och spreds snabbt under senare medeltid. Beroende på naturliga förutsättningar har kvarntyper av olika typ dominerat på olika platser.
Av väderkvarnar finns två huvudtyper; stolpkvarnar (även kallade stubbamöllor), där hela kvarnhuset vrids i vindriktningen, och hättkvarnar (även kallade holländare), där den övre delen, hättan, vrids i vindriktningen. Hättkvarnarna började ersätta stolpkvarnarna redan under 1600-talet, eftersom de var rymligare och hade en större kapacitet.
Vattenkvarnar med vertikala hjul drivs antingen genom att vattnet passerar under vattenhjulet eller genom att vattnet rinner över hjulet, så kallat överfallshjul. De senare är mer effektiva och kräver mindre mängd vatten. Under 1600- och 1700-talen hade endast större kvarnar vattenmagasin. Kvarnarna kunde ofta kombineras med små vattendrivna sågverk.
De större kvarnarna, som vanligtvis ägdes av adeln, kronan, eller i äldre tid klostren, kallades tullkvarnar, eftersom malningen var beskattad med en kvarntull. Skatten togs ut av mjölnaren, oftast omald säd, genom att han tog ett mått från varje säck som skulle malas. Bönderna kunde slippa undan kvarnskatten genom att använda små husbehovskvarnar med mindre horisontella skovelhjul, stolpkvarnar eller skvaltkvarnar. Dessa ägdes ofta av flera gårdar tillsammans, vilka bildade ett kvarnlag. Redan på 1400-talet stadgades att de bara fick användas till husbehov. Skvaltkvarnarna övergavs under 1800-talet. De hade liten kapacitet och låg ofta vid mycket små vattendrag, som endast kunde användas vid höst- och vårflod. När dikningar och sjösänkningar tog fart under 1800-talet blev de i många fall blev helt utan vattentillgång. Under denna tid ökade dessutom efterfrågan på mjöl av en finare kvalitet.
Kvarnnäringen var hårt reglerad före näringsfriheten 1863. Då blev det en storhetstid för de lokala och småindustriella kvarnarna drivna med vatten och vind. Befolkningen växte på landsbygden och skördarna ökade. Efter hand övergavs husbehovskvarnarna. Malningen var ofta säsongsbetonad under höst och vår. Mjölnarna malde inte bara på uppdrag av bönderna, utan köpte också in säd som maldes och såldes i närområdet.
Under 1800-talet byggdes många vattenkvarnar om och moderniserades för att drivas med vattenturbiner istället för vattenhjul. I början kopplades turbinerna ofta mekaniskt i kvarnen, med remtransmission. Nästa steg blev att turbinerna drev en elgenerator som i sin tur ombesörjde driften av kvarnens olika delar via remtransmissionen. En del vattenrättigheter såldes till elbolag och vattenkvarnarna blev på så vis inte sällan viktiga i elektrifieringen av landsbygden
Nästa steg blev att de flesta mindre kvarnar, både vatten- och vinddrivna, övergick till ångdrift och därefter till elnät eller förbränningsmotorer. Då kunde kvarnarna flyttas från platsen vid ett vattendrag eller en blåsig höjd, till en plats som kanske var mer central. Det var viktigt inte minst med tanke på transportfrågan. Importen av vete, främst från USA, tog fart och den spannmålen maldes ofta direkt i hamnarna på större valskvarnar vilka producerade ett mjöl av ännu finare kvalitet. Valskvarnen, som mal spannmålen mellan två stålvalsar, uppfanns 1834.
Under 1950–1970-talen lades de flesta bygdekvarnar ner. Transporterna hade blivit effektivare och Lantbrukskooperationen byggde upp stora centrala anläggningar med silos och valskvarnar. Många föredrog det fina mjöl som valskvarnarna producerade. Det ledde till att allt fler valde att köpa färdigt mjöl från den framväxande storkvarnsindustrin. I spåren av ett alltmer specialiserat samhälle övergick många från att baka hemma till att köpa matbröd. Eftersom den framväxande bagerinäringen i huvudsak använde sig av storindustrins mjöl från valskvarnar, fick de traditionella kvarnarna ett minskande ekonomiskt underlag. Produktionen av mjöl försvann från de små kvarnarna och de som var kvar fortsatte främst att producera djurfoder. Efter nedläggning har många kvarnar rivits eller byggts om och fått nya funktioner. Över hela landet har kvarnar också räddats från rivning av lokala krafter som hembygdsföreningar eller privata entusiaster.
I dag har cirkeln slutits och intresset för hantverksmässigt bakat bröd är stort. Det handlar dels om att baka hemma, men också om små, hantverksmässiga bagerier som gärna bakar på lokalt producerat stenmalet mjöl.